Seurat 是 R 语言中最常用的单细胞分析框架，而 Anndata (.h5ad) 则是 Python 生态下 Scanpy 体系的核心数据格式。跨语言、多模态联合分析场...
发简信
IP属地：四川
Seurat 是 R 语言中最常用的单细胞分析框架，而 Anndata (.h5ad) 则是 Python 生态下 Scanpy 体系的核心数据格式。跨语言、多模态联合分析场...
示例图展示的内容：每个“泡泡状”的多边形表示一个模拟细胞 soma；不同颜色对应不同类型的细胞（比如 Neuron、Astrocyte 等）；图中细胞之间间距合理，形状平滑，...
1、载入 OBJ 网格数据 在导入数据和导出数据时候，必须注意指定坐标轴的前进轴:-X，向上坐标轴:Z， 这样才能与导入文件 例如pyvista 的数据的坐标系对应的上。 2...
0.Installation LDSC V3.0.1 (Python3) GitHub Repository[https://github.com/belowlab/lds...
Reference Basic Slurm Commands :: High Performance Computing[https://hpc.nmsu.edu/disco...
dbSNP（单核苷酸多态性数据库，Database of Single Nucleotide Polymorphisms） 是由 NCBI（美国国家生物技术信息中心，Nati...
统一GWAS Summary Statistics格式的重要性与挑战 在GWAS（全基因组关联研究）分析中，由于缺乏统一的、规范化的GWAS Summary Statisti...
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列，以及使用SIFT软件分析氨基酸变异的有害性，经过一段时间的探索，对这两款软件已经有了还算全面的认识，在此记录一下分...
引言 本博客旨在详细展示如何将 ArchR 项目中的数据转换为 Signac 格式对象，为下游单细胞 ATAC-seq 数据分析提供支持。主要通过 六个简短的代码块 系统性说...
通过 共现热图(co-occurance heatmap)，我们可以用数值的方法定量地检查两个数据集的重叠程度。基于“最小值和”计算的重叠分数，是一种有效的方法来量化这种重叠...
1、关于潜关联SNP的筛选 筛选疾病风险SNP时，选择GWAS p值小于0.05的结果 并不是一个最佳的策略，尤其是在全基因组范围的关联分析中。这是因为在GWAS中，通常要对...
Reference DoHeatmap clustering specific genes and not top x genes · Issue #2261 · satij...
DuckDB 主要是为结构化数据查询设计的，专注于高效处理和分析大规模数据集。它支持多种流行的数据存储格式，如 Parquet、CSV 和 SQLite，使得在处理这些格式时...
批次效应 是指在实验中由于不同的实验条件、操作人员、试剂批次、设备差异等非生物学因素引起的系统性差异。具体来说，在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中，不同的实验批次可能...
Ensembl webpage[http://www.ensembl.info/blog/2009/01/21/how-to-get-all-the-orthologous-...
效果图 Signac中的 CoveragePlot是一种用于展示基因组覆盖度的图形工具，常用于 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessib...
作者，追风少年i 最近一直有人问我空间转录组的饼图该如何绘制，如下图 之前呢，说过一些，大家可以借鉴 10X空间转录组绘图之细胞类型百分比饼图和空间密度分布图[https:/...