分析目的 不同于PCA聚类，geneNMF算法更适合局部聚类，比如epithelial cell做进一步的亚群分类。此外，类似的软件还有Hotspot, NMF等； 分出mo...
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细胞状态密度分布是表征表型景观的关键指标，对揭示分化、再生和疾病机制具有重要意义。Mellon是2024年发表在Nature Methods，通过单细胞或者空间单细胞转录组对...
Tips: Tip1. 当前ccAFv2已经有Python和R版本，本文是R版本的安装和使用； Tip2.ccAFv2依赖tensorflow 2.12.0，而tensorf...
分析目的组间gene-gene correlation宏观比较，对差异较大的cluster可做进一步分析，挑选出互作变化较大的gene 示例： Progressive pla...
@apricot001 哈喽 你说的是哪个没有提取码？我私信给你文件。
mcmctree注：数据集是核酸序列； 1. fasta2paml； perl Gblocks2Paml.pl orthology.fa orthology.fa.paml 2. 配置spe...