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CLUES（Conditional Likelihood Under Evolutionary Scenarios）是一个用于推断单个位点在群体中选择轨迹（selection...
@要开心_c34d 在命令行使用grep 和 wc进行统计
SV 合并软件 SURVIVORSURVIVOR 软件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
@仿生鱼雷会自己玩电脑吗 这就是个简单的脚本，基于报错内容可以按自己要求对脚本进行简单修改。
VCF 文件格式转换推荐一个 VCF 文件格式转换的脚本。 https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip 常见用法：将 VCF 文件转换为 PHYLIP...
@坏坏_1ef6 可以用sort对文件重新排序，或者写一个简单的perl脚本，筛选出每行第一个字段chr后的数字，而后按个人的要求基于此对行进行排序。
SV 合并软件 SURVIVORSURVIVOR 软件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
1、转换文件格式 从 VCF 文件转换为 relate 软件可以读取的 hap 格式： PATH_TO_RELATE/bin/RelateFileFormats \ ...
推荐一个 VCF 文件格式转换的脚本。 https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip 常见用法：将 VCF 文件转换为 PHYLIP...
安装： wget https://github.com/hewm2008/LDBlockShow/archive/v1.40.tar.gztar -zxvf LDBlock...
1. 基于 BWA 进行序列比对 bwa index reference.fastabwa mem reference.fasta sample.fasta > alignm...
Bayenv 是一种基于环境相关性识别与局部适应相关位点的软件，主要用于检测那些在局部适应过程中可能发挥重要作用的遗传标记（如 SNP）。 和环境相关性的分析这里暂不介绍，仅...
下载安装： wget https://software.bioinformatics.unibe.ch/pgdspider/PGDSpider_3.0.0.0.zipunzi...
tar是 Linux/Unix 中的一个常用工具，用于创建和提取归档文件。tar的全称是 “tape archive”，它原本设计用于将文件存储到磁带设备上，现在广泛用于文件...
SweepFinder2 使用一种基于Composite Likelihood Ratio (CLR)的方法来检测正选择。CLR 是一种统计量，通过比较基因组中特定区域的观察...
XP-CLR 的基本思想是利用不同种群的等位基因频率差异和连锁不平衡模式来识别选择信号。假设一个基因在种群 A 中经历了选择，而种群 B 没有，选择位点周围的 LD 模式和等...
OmegaPlus是一个用于检测基因组数据中正选择痕迹的生物信息学工具。基于单倍型频率分布和重组事件检测选择信号，通过计算ω统计量（omega statistic）来识别选择...
基于 Susan R. McCouch 同期的两篇文献学习一下单基因的进化分析，一篇是发表在 PNAS 上关于水稻香味基因 BADH2 的分析，另一篇是发表在 Genetic...
GetOrganelle是一款由中国科学院昆明植物研究所的金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件，主要用于从基因组测序数据中组装完整的细胞器基因组，尤其擅长组装植物质体...
对 SAM 或 BAM 格式的文件进行快速的统计分析： samtools flagstat xx.bam 示例： 415088184 + 0 in total (QC-pas...
LTRfinder是一个用于识别和分析基因组中长末端重复序列（Long Terminal Repeat, LTR）的工具。LTR是一种在许多真核生物的基因组中普遍存在的转座子...
