今天我们介绍一款用于三代长读长测序数据（如PacBio和纳米孔测序）的基因组de novo拼接工具 -- Canu[https://github.com/marbl/canu...
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今天我们介绍一款用于三代长读长测序数据（如PacBio和纳米孔测序）的基因组de novo拼接工具 -- Canu[https://github.com/marbl/canu...
今天我们介绍一款用于三代长读长测序数据（如PacBio和纳米孔测序）的基因组de novo拼接工具 -- Flye[https://github.com/mikolmogor...
深圳华大基因科技有限公司（华大集团）旗下公司杭州华大序风科技有限公司（CycloneSEQ-华大序风）于2024年3月21日注册成立，致力于通过纳米孔单分子测序技术的创新研发...
三代全长转录组分析软件Bambu，ONT平台RNA直接测序（Direct RNA）- RNA修饰检测的工具m6anet和xpore都出自Jonathan Göke教授的团队。...
今天介绍一款利用比对后的长读长RNA-seq数据鉴定和定量转录本异构体（isoform）的软件工具 -- ESPRESSO[https://github.com/Xingla...
三代全长转录组可变剪切分析相关软件：rMATs-long， l2rmats和 espresso。二代RNA-seq测序经典可变剪切事件分析软件 rMATs 和 rmats-t...
一、LongReadSum简介 LongReadSum 是美国费城儿童医院Kai Wang[https://wglab.org]教授团队（图1）开发的一款专门针对长读长测序数...
提起二代测序数据质控软件 fastp，相信大家一定不会陌生。作为一款质量控制软件，其从查看碱基质量到过滤、修剪、去接头等全方位的预处理服务，加之高速、易用的特点，在生物信息学...
在做三代测序全长转录组分析工具调研时，记录一些和三代测序工作相关的实验室和PI，那就先从开发FLAIR软件的实验室开始吧！ Angela N. Brooks 教授 Brook...
"牛津纳米孔技术公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）开发的第三代测序平台是 目前唯一能够直接对天然RNA链进行测序的技术平台。ONT - ...
@魏玉平 再检查一下参数设置，是不是哪里打错了呢
全长转录组 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全长转录组分析流程 -- 数据质控和预处理ONT全长转录组测序是指基于牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代测序平台进行的全长转录组测序。利用三代测序平台长度长 （lo...
Nanopore数据分析软件tomobo Tombo is a suite of tools primarily for the identification of modi...
今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本校正，聚类，可变剪切分析，定量和差异分析为一体的工具 - FLAIR[https://flair.readthedocs.io...
The Gviz User Guide[http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Gviz/in...
环状RNA（circular RNA，circRNA）是一类特殊的非编码RNA（noncoding RNA，ncRNA），也是RNA领域最新的研究热点。与传统的线性RNA（l...
@朝赤 如果单纯想去接头的话，可以试试Porechop ：https://github.com/rrwick/Porechop，2018年停止更新维护了，但是依然可以用，我尝试过。现在有最新的Porechop_ABI：https://github.com/bonsai-team/Porechop_ABI，可以试试。
三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤对于二代测序，可以使用fastQC[https://github.com/s-andrews/FastQC]软件对原始下机数据质量进行全面的统计及绘图，多样本时可进一步结合使...
个人认为随着国内第一批PacBio Kinnex full-length RNA测序数据的下机，以及Revio测序仪的加持，PacBio全长转录组正式进入可定量的时代。至此，...