适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...
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KEGG通路数据库将通路分成了7个大类，即代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程、有机体系统、人类疾病、药物开发。见下图： [图片上传中...(image-45c15f-...
****今天来关注如何使用clusterProfiler系列包来分析GSEA** 导入包，导入数据 今天比昨天多导入了一个ReactomePA包，这个包也是Y叔开发用来分析R...
S4类 1.基于对象的编程 1.1 定义 1.2 检查 S4类特点： 类型检查 有效性检查设置 1.3 继承 此外，可封装 S4对象包括：类（class）、变量（slot）、...
主要用到两个重要函数，一个是.onLoad()，一个是.onAttach()。两者尽量选择前者。 .onAttach()一般用于在包启动时加载有用信息或建议。 这样用户可以通...
1.进去Reactome数据库[https://reactome.org/] 然后进去 2.打开下载的pdf可以看到以下内容 往下看可以看到对应的table 从这里可以获取感...
首先来谈第一个距离分析 关于空间上细胞距离的分析，其实谈了很多了，大家可以参考我之前分享的文章空间转录组细胞类型的spot distance-based analyses，距...
今天我们来到了单细胞空间联合分析的第五个部分，可能有部分同学有这样的疑问，为什么要分享和研究这么多的方法， 有一个不就好了么？这个问题，说明你站的高度还需要提升。好了，开始我...
