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    复现一篇文章

    前言 此复现过程全程由kinesin老师指导,过程有点复杂,如发现问题,请及时简书联系我,我及时更改,主要复现标准化免疫细胞组成的生存分析。 下...

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    单细胞的GO KEGG GSEA GSVA分析

    今天抽个空把单细胞领域的GO KEGG GSEA GSVA都做了一遍,跑完以后的感觉就是有这样的理解,就是单细胞我首先会选择做GSVA,但是我还...

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    tcga中配对样本的可视化

    tcga癌旁数据较少,所以有时候看配对数据的对比,更能代表基因在癌和癌旁的区别。

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    利用单细胞集合做免疫浸润分析

    以前一直用经典的MCP法分免疫浸润 总感觉不好 上篇文章上也写过 这次用肠癌单细胞6万多的细胞的特异性基因,特异性基因我是一个一个看的,我选的标...

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    用MCP法计算TCGA样本中的免疫浸润

    下载TCGA FPKM数据 下载TCGA临床数据 XENA官网下载整合好的数据 整理表达矩阵 提取mRNA和gene名转换 表达矩阵和临床数据融...

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    第一步:简单的GEO数据提取及数据分析

    简介 这是复现一篇结肠癌的文献图例,GSE4107,文献地址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/...