一、共介绍8种可视化，今天学习前四种 图一：样本聚类树 图二：模块层级聚类树 图三：无标度网络评估图（2图） 图四：模块间的相关性热图 图五：TOMplot 图六：cytos...
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一、共介绍8种可视化，今天学习前四种 图一：样本聚类树 图二：模块层级聚类树 图三：无标度网络评估图（2图） 图四：模块间的相关性热图 图五：TOMplot 图六：cytos...
大部分时候，我们都是看着别人的教程，然后尝试处理自己的数据，结果跑完了，如果和预期相符合就不会怀疑这个工具有啥问题。如果你要学习生物信息学，那么有一个信条一定要记住，不要盲目...
写在前面 jcvi是福建农林大学的唐海宝老师开发的一款针对基因组处理的高效工具，学好这一个工具可以解决80%以上遇到的基因组学上的问题。 安装jcvi 1.Conda一键安装...
介绍 Universal Protein Resource(UniProt)是瑞士生物信息所SIB和欧洲生信中心EBI以及蛋白质数据源PIR等三个机构共同维护的数据库。该数据...
“最后结果transcripts.fasta.transdecoder.gff3用于提供给EvidenceModeler”，原文是否出现了笔误？
应该是将transcripts.fasta.transdecoder.genome.gff3提供给EVM？后续也确实这样操作了。
如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
参考链接 如何对基因组进行注释[//www.greatytc.com/p/931e9821c45a] 从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，相当于收集...
1 使用conda安装EVM。conda源的evidencemodeler 不是作者编译上传的，所以pasa的依赖和库都不在，如果是重新创建环境安装EVM的话，需要安装这俩P...
1. 组装基因组质控 得到组装好的基因组序列之后，首先要使用多种方法评估组装质量。这里用到2款可用于基因组组装质量评估的软件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
首先安装RepeatModeler2,RepeatMasker4建议直接去官网下载，解压安装。同时安装其他包。安装流程这里不详细介绍了，网上有很多。 假设现在已经安装完毕，并...
比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[//www.greatytc.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
做基因功能注释都会特别注意基因上有什么功能结构域，通常我们认为，结构域决定了这个基因的功能。随着高通量测序技术的发展，我们完全可以通过一级序列来预测该基因的结构域，pfam数...
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
软件安装与下载 运行数据 功能注释 组装后的文件就是转录本文件在未消除样品之间的差异之前，用TPM来比较勉强可以，但是FPKM不行。
STAR+RSEM+Deseq2视频课程链接已经公开, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
安装orthofinder 使用conda安装 安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装软件；你可以创建很多小环境名，有的小环境坏了，你不要就可以了...
