文献18中，作者用了很大篇幅去鉴定各个亚群的受选择区域，然后与其性状关联。本次推送将介绍如何进行选择清除分析。 相关概念 选择即有条件的筛选，在群体研究中可以分成自然选择和人...
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文献18中，作者用了很大篇幅去鉴定各个亚群的受选择区域，然后与其性状关联。本次推送将介绍如何进行选择清除分析。 相关概念 选择即有条件的筛选，在群体研究中可以分成自然选择和人...
连续纯合片段（runs of homozygosity, ROH）是亲代将同源相同的单倍型传递给子代而形成的，基于ROH计算的基因组近交系数是个体真实的近交系数，它比传统系谱...
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列，以及使用SIFT软件分析氨基酸变异的有害性，经过一段时间的探索，对这两款软件已经有了还算全面的认识，在此记录一下分...
比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[//www.greatytc.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
在距今2年前的一个日子里，我写了一篇关于upsetR的简单教程。两年过去了，这篇教程是百度搜索的第一位。 在这篇教程中，我定了一个计划 下一期写一篇Y叔的upsetplot是...
-2. 在一篇讲泥炭藓的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
SweepFinder2 使用一种基于Composite Likelihood Ratio (CLR)的方法来检测正选择。CLR 是一种统计量，通过比较基因组中特定区域的观察...
动植物为了应对周遭的病原物入侵，在其细胞内部内置了关键的免疫识别蛋白，也就是本篇文章的主角：NLR蛋白。在研究中，人们往往发现NLR蛋白基本是成束或者成簇出现在基因组中。举个...
本文讲解Windows下Git的安装 一 、Git的下载 进入官方地址：https://git-scm.com/download/win[https://git-scm.co...
Insulation Score是由dekker实验室开发的，软件路径（https://github.com/dekkerlab/cworld-dekker） 分析原理 总结...
论文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wi...
PWM矩阵是表示motif的一种方式，全称是position-specificweightmatrix(PSWM)或者是position-specificscoringmat...
前言： 蛋白质中功能的基本单元是domain,是一种特殊的三维结构，不同结构的domain与其他分子特异性结合从而发挥功能。与此类似，转录因子在于DNA序列结合时，其结合位点...
转录因子富集分析 转录因子因子富集分析背后的原理与GO，KEGG等富集分析是一样的。 这里还是使用Y叔的R包“clusterProfiler”。 首先我们要知道哪些基因是转录...
在植物中，基因组的复制事件是频繁发生的，根据发生的范围大小可以分成全基因组复制（Whole-genome duplication）和单基因复制（single-gene dup...
基本思路都是从不同软件的结果通过手动操作转为minimap2的paf格式再转为chain文件，基于chain文件便能获得坐标转换paf文件格式解读:https://wap.s...
本文只是按照自己的需求翻译了HaploMerger2提供的手册部分内容。HaploMerger2的帮助文档写的非常好，一定要花点时间去读啊！ HaploMerger2的分析流...
