Linux下安装 Miniconda和admixture-图文解析

1、用wget命令下载

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2、安装命令

添加权限并运

image.png

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

image.png

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装过程中,提示阅读用户许可协议,需要按“Enter”继续,并输入“yes”继续安装,

image.png

并列出conda安装的具体路径,按Enter继续。

image.png

最后询问是否初始化Miniconda3时,选“no”

image.png

3、验证conda是否安装成功

输入conda命令,如未成功输出,见下一条

conda

4、使用vim工具,编辑.bashrc文件

vim ~/.bashrc

在最下行输入miniconda3的安装目录作为环境变量,与上面保存的安装目录相同,本文是“/home/chris/miniconda3”

export PATH="/home/chris/miniconda3/bin:"$PATH

image.png

输入命令使.bashrc文件生效

source ~/.bashrc

5、输入conda命令,如正常返回,说明conda安装成功

image.png

6. bioconda设置通道

安装conda后,您将需要添加bioconda通道以及bioconda依赖的其他通道。重要的是按此顺序添加它们,以便正确设置优先级(即conda-forge是最高优先级)。

该畅达锻通道包含在尚未发现许多通用包defaults通道。

conda config --add channels defaults

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

7.安装包admixture

现在已启用Bioconda,因此可以将bioconda通道上的所有软件包安装到当前的conda环境中:

conda install admixture

image.png

等一会按y,就可以安装成功了。

image.png

可以输入admixture查看安装成功没有

image.png

查看admixture安装目录

which admixture

image.png

添加到环境变量

vim ~/.bashrc
按一下i
export PATH="/home/chris/bin/admixture/bin:"$PATH

image.png

Esc

:wq!回车

全文参考://www.greatytc.com/p/e49422adea46
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