conda官网：https://conda.io/miniconda.html

1.下载Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2.安装

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#安装

3.安装完成后可以选择加入PATH，若不加入PATH 进入miniconda/bin文件  conda activate 进入conda环境

4.给conda添加频道，以下两个为官方提供的频道

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

5.用conda安装软件，这里以安装R为例

创建R环境安装R

   (1)conda activate  #进入conda 环境

   (2)conda create -n R3.8 #创建一个R环境

   (3)source activate R3.8 #激活R环境

   (4)conda install r-base #安装R

   (5)conda install r-stringi #安装R包 以 stringi R包为例

   (6)conda deactivate 退出当前环境

在不创建R环境的情况下安装R conda install -c r r 

其他查看命令：

conda info --envs   #查看当前环境   *标记

conda list #查看环境下安装的R包和版本

conda env remove -n R3.8 #删除该环境

conda env list  #查看所有环境

软件安装完 不能只让他在conda环境下发挥作用，在目录下（随便一个喜欢的目录）建文件夹aa 将conda目录下 软件的bin文件 通过软连接 放到aa文件夹下  ：ln -s ~/miniconda3/bin/R  /aa 

当我把deeptools 软连接过去 其里面的命令找不到，子命令也在bin里，全部软连接过去

将aa文件夹所在目录加入 ~/.bashrc PATH中，并 source ~/.bashrc  OK啦！！!

小问题：有时候安装完conda 每当source ~/.bashrc 就会进入conda环境 ，怎么解决呢？

vim ~/.bashrc #打开 ~/.bashrc

注释掉以下部分