旧号无端被封，小号再发一次
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作用
- 用于对齐组织切片图和网格点
-
ST analysis generates large amounts of image data; for each sample, a pair of high resolution (30k x 30k pixels) images is created, one bright field image with tissue and faintly visible spots, and one fluorescent image with highly visible array spots.
伪影
工作流程
image.png
启动服务器服务
$ cd /opt/st_spot_detector/server
$ source venv/bin/activate
$ python -m app
打开浏览器输入 IP:8080进入spot Detector界面
image.png
上传图片
- Cy3 fluorescent image
- HE bright field image
-
Upload Image
image.png
Image Alignment
image.png
感觉他已经帮我自动对齐了，就不做调整
Spot Adjustment
image.png
- 通过单击“选择组织内的斑点”按钮来自动选择组织边界内的斑点
- 单击“添加斑点”按钮并左键单击应放置的位置来添加缺失的斑点
- change spots assignation by using the "Edit assignments" button
Export the spot values
-
Click on the "Data export" tab.
image.png
得到结果文件
image.png
image.png
Data conversion and visualization
The script "adjust_matrix_coordinates.py" of the ST Pipeline package can be used to adjust the output of the ST Pipeline (matrix in TSV format)
这将生成一个新矩阵（new_stdata.tsv），然后，可以使用3x3仿射矩阵文件通过ST Viewer，ST Analysis或您自己的脚本将数据绘制到组织图像（HE）上。
