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Signac是一个可以处理scATAC-seq、scCUT&Tag和scNTT-seq等检测单细胞水平染色质状态的R包，其主要步骤包括： Cre...
新年好啊 :) 最近使用Seurat画小提琴图时想将组间的p值给标上，发现Seurat的VlnPlot并没有参数直接支持这个功能。本文就记录一下...
CytoTRACE2 CytoTRACE2是 Newman Lab[https://anlab.stanford.edu/] 开发的用于预测sc...
最近想将单细胞数据从Seurat转换到H5AD格式，但发现Seurat V5直接转换会报错。这里记录一下解决的方案。 直接转换会报错 Error...
Gene Classification 上一篇文章写了用Geneformer如何做细胞分类[https://thereallda.github....
Geneformer 是一个基于30M scRNA-seq data训练的Transformer模型，训练数据包括人类的多种组织器官。Genef...
scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs 本文记录使用scanpy处理3k PBMCs sc...
文章接受，终于有空再发点笔记了😃 SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Pack...
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