基因类型鉴定 基因组的组装和注释完成，得到配套的基因组和注释文件之后，可以利用gffread软件提取对应的gene的cds，pep序列。应运而生...
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基因类型鉴定 基因组的组装和注释完成，得到配套的基因组和注释文件之后，可以利用gffread软件提取对应的gene的cds，pep序列。应运而生...
串联法 orthofinder 已经生成好单拷贝基因串联的序列，可以直接使用。找到orthofinder 已经生成好单拷贝基因串联的序列，Spe...
比较基因组分析，首先需要选定要比较的物种，然后下载这些物种的基因组数据。 基因组数据准备 数据准备1.基因结构注释文件， gff/gtf格式2....
蛋白质都是由相似的小型结构域组成的。如果我们有若干个已知的蛋白序列，那我们就可以根据这些蛋白序列比较其含有的保守域，寻找在蛋白数据库中上是否也有...
影响因子：11.6关于单基因泛癌分析，我们已经介绍了很多。小编最近也筛选到一些结果比较好的基因，需要做深入分析的欢迎交流喔。 研究概述：APOB...
OrthoFinder2算法解读 1）基因树的构建， 寻找序列之间的同源关系（相似度的计算）：diamond，blast，mmseq2 基因树的...
本文包括内容： 1. 基因长度定义 非冗余外显子(EXON)长度之和;挑选基因的最长转录本 ;选取多个转录本长度的平均值;非冗余 CDS 长度之...
使用方法 好像Pyfastx比biopython读取序列的速度更快，或许可以试一试pyfastx
今天介绍的小工具是Multi-omics Hammer的ptree_rename功能，主要用于批量修改进化树节点的名称。 提到进化树，必然需要提...
水稻常用数据库介绍 近几年随着测序数据量呈井喷式增长，涌现出一大批优秀的数据库。而水稻和拟南芥分别作为植物研究中单双子叶的模式植物，其基...
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