序列比对和序列特征分析总目录
多序列比对的软件很多，具体可参考https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/
另外还有http://www.bioinformatics.utep.edu/BIMER/tools/msa.html
https://www.expasy.org/genomics/sequence_alignment
工具很多，以下为推荐的在线版本工具：
- DNA多序列比对，推荐 MUSCLE or MAFFT.
- 蛋白质多序列比对推荐 Clustal Omega.
最为普遍是引用的是Clustal，Muscle
其中Clustal有Clustal Omega，ClustalW和ClustalX3个版本。目前ClustalW2已经不再提供在线服务。
1 Clustal
命令行的ClustalW和界面版的ClustalX
下载地址为http://www.clustal.org/download/current/
ClustalX
下载Clustalx-2.1-win.msi进行安装，窗口界面如下：
界面
注意：文件路径不能含有中文
载入一个文件，显示如下
image.png
Alignment进行比对：Alignment--Do complete alignment，结果如下
结果解释
“*”表示该列氨基酸完全一致
“:”表示该列不完全一致，但有高度保守的氨基酸
“.”表示虽不完全一致，但含有一般保守的氨基酸
空白表示该列氨基酸序列差异较大
对每列来说，颜色表示氨基酸的差异，其中空位用“-”表示
下方的柱状图（灰色柱子）代表序列区段的保守性，越保守越高。
对结果进行输出可构建进化树
