将h5ad转化成seurat obj最好的包

今天下载了一个Aviv regev文章中胰腺癌单细胞测序数据的一个.h5ad文件，花了各种方法试图将其转化成.seurat对象好在R中能用。

发现最好用的包要属schard了，代码如下：

setwd("/home/000-data/zhenzhen/shenyuan_lab/3_avivRegev_snRNA-Seq")

devtools::install_github("cellgeni/schard")

library(schard)

seurat_obj <- schard::h5ad2seurat("GSE202051_totaldata-final-toshare.h5ad",use.raw=T)


R代码


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