w我做梦都在想这个误差棒可以用均值的sd值做出来，而不是依靠散点图算到的sd值。
但事实上，误差棒是用sd做出的，而显著性差异线是用散点做的。
w我就没睡好，现在蒙蒙的还有一会儿的面试……我还是先看论文吧。
柱状图这些命令即可（顶多6行）
plot_data2 <- read.csv("NPT_sod.csv")
p <- ggplot(data=plot_data2,aes(x=group,y=mean))+
geom_bar(fill=c("green","blue","red"),color="black",
position=position_dodge(),
stat="identity")+
geom_errorbar(aes(ymin=mean-sd,ymax=mean+sd),
width=0.3,position=position_dodge())
然后这里又有问题：
后来显著性标记线也整出来的，很简单。
```
library(ggplot2)
library(ggsignif)
library(ggpubr)
library(RColorBrewer)
plot_data2 <- read.csv("NPT_sod.csv")
plot_data1 <- read.csv("NPT.csv")
p <- ggplot(data=plot_data2,aes(x=group,y=mean))+
geom_bar(fill=c("green","blue","red"),color="black",
position=position_dodge(),
stat="identity")+
geom_errorbar(aes(ymin=mean-sd,ymax=mean+sd),
width=0.3,position=position_dodge())+
geom_signif(data=plot_data1,aes(x=group,y=Retive_Abundance),
comparisons = list(c("N","P"),
c("N","T"),
c("P","T")),
annotation=c("**"),
map_signif_level = T,
tip_length = c(0,0,0,0,0,0),
y_position = c(46,54,49),
size = 1,
textsize = 10,
test = "t.test")
```
之前搞不懂算显著性差异为什么还要借助元数据而不是均值和sd，网上有人说“用原始数据最好”。我现在试一下不借助元数据的。
看来难，因为如果要笔算的话需要查表，不如使用元数据一个ttest就完成了。
