根据已有序列提纯二三代测序数据

提纯二代数据

bwa index reference.fasta
bwa mem -t 10 reference.fasta  illumina_1.fastq illumina_2.fastq> out.sam
samtools view -@ 8 -bS -F 12 out.sam > out.bam
bedtools bamtofastq -i out.bam -fq mito_f1.fq -fq2 mito_f2.fq

提纯三代数据

bwa index reference.fasta
bwa mem -t 10 reference.fasta ONT.fastq > out.sam
samtools view -@ 8 -bS -F 12 out.sam > out.bam
bedtools bamtofastq -i out.bam -fq out.fq
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