灵活指定R包的安装及加载路径

在我们进行生物信息分析的过程中,有些包必须依赖旧版本的R,有些则必须在新版本的R下才能运行。然而一个服务器上R的快捷方式只能对应单一版本的R,修改R快捷命令对应的版本则需root权限进行操作。每次运行前手动查询想调用版本的R的绝对路径再指定库路径过于麻烦,普通用户如果想实现丝滑无痛的R版本转换,只要提前写好配置文件,然后一条命令就可以搞定啦!

以c03服务器为例,首先我们查询一下服务器上现在有的R版本:


直接调用R的话,会发现默认R版本为3.6.0


为了实现一键调用3.6.1的R,我们首先在自己的用户主目录下创建一个目录,用来储存我们未来会安装在3.6.1下的R包(已有库目录请忽略):

mkdir ~/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6.1/

然后打开vi,将以下命令写入文件(此处将文件命名为R361):

export R_LIBS_USER="~/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6.1"

/usr/lib64/R-3.6.1/bin/R

保存退出后,对R361执行权限操作,给予可执行权限:

chmod a+x R361

此时直接运行新鲜出炉的魔法脚本(不是),一键切入R3.6.1版本~


需要大家注意的,这个办法不会对当前默认的R版本产生任何影响,所以每次切换R版本之前都需要运行一遍该脚本,每次切换R版本之前都需要运行一遍该脚本,每次切换R版本之前都需要运行一遍该脚本~~~~~~~退出R环境前也一定要注意及时保存,退出R环境前也一定要注意及时保存,退出R环境前也一定要注意及时保存~~~~~~~~(重要的事情一定要说三遍!)

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容

  • 一、Python简介和环境搭建以及pip的安装 4课时实验课主要内容 【Python简介】: Python 是一个...
    _小老虎_阅读 11,147评论 0 10
  • 1.描述计算机的组成及其功能 (一)计算机的组成 1.CPU 2.CPU风扇 3.BIOS 4.内存 5.硬盘 6...
    whamai阅读 5,408评论 0 1
  • feisky云计算、虚拟化与Linux技术笔记posts - 1014, comments - 298, trac...
    不排版阅读 9,348评论 0 5
  • 第一章 1.Linux是一套免费使用和自由传播的类UNIX操作系统,它可以基于Intel x86系列处理器以及Cy...
    yansicing阅读 10,795评论 0 9
  • 一、温故而知新 1. 内存不够怎么办 内存简单分配策略的问题地址空间不隔离内存使用效率低程序运行的地址不确定 关于...
    SeanCST阅读 12,379评论 0 27