学习小组D6笔记——玉子卿

生信星球103期作业

Linux环境下软件安装

新手必备的软件下载安装小助手——conda

  • 虽然现在网上很多人会说有比conda更好用的docker啥的，但那都是大佬们用的，新人果然还是conda最香。
  1. conda的下载安装与镜像配置
  • 这里用的是轻量级版的conda——miniconda
  • 搜索“miniconda 清华”，或直接进入链接

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

需要在多个版本中找到适合自己linux安装的版本
要求：符合自己linux系统配置、最新


选择
  • 然后右键复制链接
  • 进入linux中
cd biosoft
wget 链接
  • 下载好后
bash 文件名
  • 镜像配置

conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

  1. 软件的安装与卸载
  • 首先在conda里查找
conda search fastqc
查找
  • 如果出现总报错的情况可以回到~目录下，
vi ./.condarc

  • 然后在文件夹中删除defult那行

  • 安装

conda install fastqc -y
安装
  • 删除
conda remove fastqc -y
移除
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