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此方法能达到目的但不是最优方法

说明

需要两个文件，f1为需要提取的列名，自上而下为提取顺序；f2为待提取的矩阵，第一列默认输出。

f1示例

image.png

f2示例

image.png

脚本

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}NR==FNR{a[NR]=$1}NR>FNR&&FNR==1{for(i=1;i<length(a)+1;i++){for(j=1;j<NF+1;j++){if(a[i]==$j){b[j]=$j}}}}NR>FNR{printf $1;for(i=1;i<length(a)+1;i++){for(j=1;j<NF+1;j++){if(a[i]==b[j]){printf "\t"$j}}}print ""}'  pheno.file  matrix.02

即

awk '
BEGIN{
  FS=OFS="\t"
}NR==FNR{
  a[NR]=$1
}NR>FNR&&FNR==1{
  for(i=1;i<length(a)+1;i++){
    for(j=1;j<NF+1;j++){
      if(a[i]==$j){
        b[j]=$j
       }
    }
  }
}NR>FNR{
  printf $1
  for(i=1;i<length(a)+1;i++){
    for(j=1;j<NF+1;j++){
      if(a[i]==b[j]){
        printf "\t"$j
      }
    }
  }
  print ""
}' pheno.file  matrix.02

结果

image.png