从bam文件转fastq,一般推荐以下两种方法:
bedtools bamtofastq -i test.bam -fq test1.fq #bam文件转化成fastq
samtools bam2fq test.bam test2.fq #bam文件转化成fastq
但是发现bedtools转的fq比samtools转的fq整整多了两倍数量。
diff test1.fq test2.fq > c.fq
然后发现bedtools 的结果就是比samtools多了一倍结果,很奇怪
可能说bedtools不适合处理三代测序结果吗?