1：Mothur:http://www.mothur.org/wiki/Main_Page-------分析管道

2：QIIME :http://qiime.org/-----分析管道，python编写，

3：Greengene\SILVA\RDP\unite(功能基因)-------参考数据库

4：probeBase http://www.microbial-ecology.net/probebase/-----用于引物查找

5：STAMP http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP------物种分布以及丰度的统计分析

6：usearch http://www.drive5.com/usearch/manual/-------OTU聚类分析

7：megan  http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan5/----物种分析及画图，windows,java编写

8：Galaxy http://galaxyproject.org/ ---------在线分析平台