conda安装与软件安装

今天第一天拿到服务器帐号,首先进行软件安装和转录组数据下载。

安装miniconda

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

.sh代表shell语言写的,运行需要bash命令

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

一直enter,用户协议翻到底,yes,安装在默认位置,或在>>>后输入指定位置;

不初始化,手动练习添加环境变量

vi ~/.bashrc

添加环境变量

export PATH=/home/data/t220345/miniconda3/bin:$PATH

source一下

source ~/.bashrc

配置channels

vi .condarc
#在里面写上,符号,空格和单词都不能错
channels:
 - biocanda
 - conda-forge
 - r
 - defaults

安装fastp

conda install fastp

一直yes回车即可,查看安装位置

which fastp

安装blast

conda search blast #搜索blast在conda的名称和版本
conda install blast #安装最新的balst
conda install blast=版本号  #安装指定版本
which blastp #查找blastp软件,而不是软件包blast
conda list #查看已安装的软件
conda update 软件名 #升级软件
conda remove 软件名 #卸载软件
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