2024-01-16 SNP位点与转录因子结合分析记录1

本人既往研究的关键SNP位点信息：rs2243890 - SNP - NCBI (nih.gov)

Decreased activity of RCAN1.4 is a potential risk factor for congenital heart disease in a Han Chinese population (fudan.edu.cn)
前期完成该位点部分研究，实验证实启动子区的SNP位点影响转录因子结合，推测结合了转录抑制因子，因此需要进一步研究具体结合的转录因子。

全基因组关联分析（GWAS）发现的很多变异位点基本为非编码，这些变异位点：
1）要么调控基因表达（eQTL）;
2）要么影响增强子活性;
3）要么影响转录因子（TF）结合特异性;
4）要么啥也不是。

针对以上四种情况：

1）是否调控基因表达（eQTL）可通过GTEx Portal查询。

无法打开链接

哇塞，好人，点赞，跳转链接，激动...

哦豁，挂了

3）是否影响转录因子（TF）结合特异性则可通过如下数据库进行查询：GVATdb (sdsc.edu)

Natures有一篇文献Systematic analysis of binding of transcription factors to noncoding variants。

该文献针对95,886个常见变异位点（SNPs,欧洲和亚洲人群的MAF> 1％）与270个转录因子的结合特异性进行了大量的SNP-SELEX实验，并以此构建了GVATdb数据库。

下图是针对转录因子或者SNP位点进行检索的实验结果图：

网站示例SNP

输入目标SNP：rs2243890

唉，也不知道是没有收录还是真的没有结合，忧伤

还是学习一下吧，每列的释义如下：

oligo_auc：转录因子与40bp DNA 序列的结合得分, 用AUC(Area under Curve)值表示；
oligo_pval：对OBS进行25,000次蒙特卡洛随机化后得到的p值。p<0.05表示TF与基因组片段的特异性“结合”；
Alt：SNP（hg19）的替代等位基因；
Ref：SNP（hg19）的参考等位基因；
ref_auc：ref 与 TF 的结合得分；
alt_auc：alt 与 TF 的结合得分；
pbs：结合倾向性得分，公式为：Ref 等位基因得分减去 Alt 等位基因得分，负值表示转录因子更倾向于结合 Alt 等位基因；
p-value：对 PBS 进行25,000次蒙特卡洛随机化后得到的 p 值。 p<0.01 表示 TF 与 Ref 等位基因和 Alt 等位基因结合“存在差异”。
此外，对于没有纳入 SNP-SELEX 实验的 SNP 位点，作者还建立了 deltaSVM 模型，用于预测未纳入的 SNP 位点与 TF 的结合特异性，如下图所示：

提交了位置信息还是没有收到结果

又搜索了一下，找到另一个网站进行预测：两步预测SNP与转录因子结合的神器分享 (biodog.cn)
按照提示输入目标SNP

没有结果-_-

先记录到这里，后面再继续学习吧。

参考文献：Yan J, Qiu Y, Dos Santos A M R, et al. Systematic analysis of binding of transcription factors to noncoding variants[J]. Nature, 2021: 1-5.