参考教材：《生物信息学》（第二版） 樊龙江 主编

蛋白质功能域

一条蛋白质序列中的一段保守区域，该区域能够独立行使功能、进化等。
在蛋白质结构中，是一个蛋白质结构的一部分，能形成一个紧密的三级结构，能独立折叠且结构稳定，同样具有独立功能和进化等特征。

功能域模型

目的：除了多序列联配的结果，用更好的方式描述功能域并应用。

一致序列consensus sequence

多序列联配结果中每一列出现最多的碱基或氨基酸构成的序列，是一条单一序列。

正则表达式regular expression

把每一列出现的碱基或氨基酸都列出而形成的。

概型profile

是一个类似PSSM的矩阵，但它可以包含匹配、错配、插入和缺失等情况。提供了多序列联配中每一列出现各种氨基酸（或空格）的概率（经过对数转换并取整数）。

HMM概型（隐马尔可夫模型）

用参数表示的用于描述随机过程统计特性的概率模型，是一个双重随机过程，由两部分组成：马尔可夫链和一般随机过程。
详情见书P381

熵与不确定性

信息量IC=2-H（H越大，IC越低）

公式

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