一个完整的RNA-seq（1）-conda的配置及搭建

1.conda的下载以及环境的搭建

（1）conda的下载

可以去官网下载适合自己的版本，miniconda官网：https://conda.io/miniconda.html，也可以用下边的命令。

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

这里选择的是latest-Linux版本，所以下载的程序会随着python的版本更新而更新（现在下载的版本默认的python版本已经是3.8了）

（2）安装

chomd 755 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

为防止conda污染其他软件的环境，在询问是否将conda加入环境变量时选择no，其他选择yes。

（3）启用conda

 # 进入miniconda的bin目录
chmod 755 activate #给权限
source ./activate

这时候会出现base，表明已经处于conda环境中。

image.png

（4）为conda配置下载源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

显示安装频道

conda config --set show_channel_urls yes 
conda config --get channels #查看已安装的内容

（5）安装软件

conda install gatk  
conda install gatk=3.7#安装特定版本
conda update gatk #更新软件
conda remove gatk#卸载软件

退出与激活环境

conda activate    #激活
conda deactivate #退出

如果退出环境，则之前用conda安装的一系列软件都会不可用，如果使用的话就必须激活conda环境，还有一种解决办法是给处理的文件夹配置一个conda的软链接。

mkdir /home/biosoft
export PATH="/home/biosoft:$PATH" #将这个文件夹加入到环境变量中
ln -s /root/miniconda3/bin/gatk /home/biosoft

每次启动linux都要重新启动一下conda环境，也可以用alisa免去环境启动步骤。

alias condaup='source /root/miniconda3/bin/activate'  #保存并退出
source ~/.bashrc #重启生效
#接下来可以验证一下，首先退出conda环境
 conda deactivate  
#输入命令
condaup