总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes)

接下来用 BWA mem把fastq map到参考基因组 hg38 版本。
比对结果直接通过管道传给samtools以 coordinate 进行sort处理，并输出bam格式文件，节省 I／O 时间。
因为空间问题，比对好的文件放在
/project/align/wes目录

6.1设置好下面批量比对的数据文件

kelly/wesproject/4_clean/wes目录下，也可以在align/wes目录下写完整路径

ls *1.fq.gz> 1
ls *2.fq.gz> 2
paste 1 2 > config
#vim config 写入第一列样本名，要以Tab分开
cat 1|cut -d"_" -f 2,3 1>0
paste 0 1 2 > config

6.2 比对

align/wes目录下
根据前面的经验，一次并行比对10个文件

(wes) pc@lab-pc:/home/kelly/wesproject/4_clean/wes$ cat config|head -10> config_10

INDEX=/data/bigbiosoft/GATK/resources/bundle/hg38/bwa_index/gatk_hg38
cat /home/kelly/wesproject/4_clean/wes/config10|while read id
do 
arr=($id)
sample=${arr[0]}
fq1=${arr[1]}
fq2=${arr[2]}
echo $sample $fq1 $fq2
bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:$sample/tSM:$sample\tLB:WGS\tPL:Illumina" $INDEX /home/kelly/wesproject/4_clean/wes/$fq1 /home/kelly/wesproject/4_clean/wes/$fq2 |samtools sort -@ 4 -o $sample.bam -  &
done

注意bam命令的-R参数，不加也可以运行，但是后面的gatk时会报错，但是也有解决办法，见后面。-t 和-@是线程数

非常耗时的比对工作今天终于完成了。同时生成了sort好的bam文件。20190627