Lecture 1 - Basics of Mass Spectrometry 1
Lecture 2 - Basics of Mass Spectrometry 2
Lecture 3 - Quantification in Proteomics
定量方法，特别强调了IBAQ。
Lecture 4 - Lab-Based Video - Proteomics Day 1
- 将两个样本跑SDS-PAGE根据分子量分离，之后考马斯亮蓝染色。
- 染色后的胶切成24个馏分。每个馏分装了一个EP管中。
- ammonium bicarbonate将胶条上的考马斯亮蓝洗掉，之后吸掉上清液
- acetyl nitrate硝酸乙酰酯将剩下的胶进行shrink
- DTT进行还原烷基化
- 胶内酶解成肽段，过夜
Lecture 5 - Lab-Based Video - Proteomics Day 2
- 用提取液提取肽段混合物
- 将肽段用40%的乙腈洗脱，放在C18的柱子上。而脂类和蛋白需要用60%及以上的乙腈洗脱。这时肽段会吸附在C18的柱子上。
- 之后将C18柱子用70%的乙腈再次洗脱。
- 肽段冻干
- 肽段过UPLC进行分离，之后被离子化，送质谱分析。在分析前要先进行标准蛋白的校准。
- 用ACN不同梯度的将肽段洗脱，送质谱分析，有保留时间。
- Thermo Excalibur软件看图像，top20或10。得到了Raw 文件
Lecture 6 - Lab-Based Video - Analysis
- Maxquant分析
- 选择无标定量的iBAQ分析作为定量指标。
