宏基因组测序分析（七）DESeq2/edgeR差异分析

DESeq2/edgeR

DESeq2和edgeR是RNA-Seq数据分析中常用的差异表达分析软件，这两款软件基于负二项分布模型，输入count 数据进行差异分析。其中DESeq2必须有重复才能运行，edgeR可以基于设置的离散度进行无重复比较分析。

参考脚本

## 准备count表格
S.count.tsv
## 替换掉空格
sed 's/ /_/g' S.count.tsv > S.count.matrix
## 进行差异分析
 perl run_DE_analysis.pl \
--matrix S.count.matrix \ # count表格
--method DESeq2 \ # 分析方法，可设置为edgeR
--samples_file sample.txt \ # 样品分组信息
--output DESeq2_out # 输出结果目录

输出结果文件为：S.count.matrix.A_vs_B.DESeq2.DE_results ;
可基于FDR 和 Foldchange 进行差异物种筛选。
常用的筛选标准：FDR < 0.05 && |log2(FC)|>1

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