关于R语言读入.h5ad文件

我测试成功的
分别是zellkonverter包里面的readH5AD
但是会遇到很多报错
例如

然后有个网址把很多报错都解释清楚了
https://mp.weixin.qq.com/s/t3-f5uE-yvtEb1z_ruMkAw

读取h5ad格式文件后，如何创建Seurat对象？

seurat_obj <- readH5AD("fin_top3000_filter_harmony_batch_remove_cluster.h5ad")
logcounts(seurat_obj) <- log1p(assay(seurat_obj, "counts"))
seurat_obj <- as.Seurat(seurat_obj)

但是这个对象只有3000个基因，也就high variable genes

class: SingleCellExperiment
dim: 3000 204496
metadata(10): Dataset_colors cell_colors ... sub_cell_colors umap
assays(2): X counts
rownames(3000): A2M A2M-AS1 ... ZSWIM4 ZSWIM5
rowData names(14): mt n_cells_by_counts ... std varm
colnames(204496): C06_N_AAACCCAAGAAACCCG-1-0 C06_N_AAACCCAAGACTGTTC-1-0
... 9-S353_TTTCGATCACTGTCGG-1-35 9-S353_TTTGTTGAGACTCTAC-1-35
colData names(17): DF.classifications DF.pANN ... cell sub_cell
reducedDimNames(2): X_pca X_umap
mainExpName: NULL

所以需要提取其中的meta data信息 重构一个seurat对象

另外一个R包是
scKidney
参考这个链接

单细胞分析 | Seurat 和 H5ad 对象互换不再麻烦！scKidney 一键搞定！