生信-Linux基本命令

Linux目录结构

1. 绝对路径

以根目录“/”为起点，以最终到达的目录为终点
例：cd /user/name

2. 相对路径

目录的常用命令

ll 竖向列出当前文件夹的文件名及目录
cd 切换目录
pwd 显示当前所在位置remove
mkdir(make direction) 创建新的目录（文件夹）
rmdir(remove direction) 删掉一个空目录
cp(copy) 复制文件或目录 cp /user/Xiaoxh/cDNA/cDNA.fas1 cDNA.fas
rm(remove) 删掉文件或目录
mv(move) 移动文件与目录，或修改文件与目录的名称
tail 显示文件第一行：tail 1.Atrp.gff3
grep 查找：history |grep tail
sort -u 删去重复行，去冗余：more 6.Hb.pep.blast.list.pep.mafft|grep '>'|sort -u|wc（查看此文件并显示去冗余后‘>’的数量）
wc显示行数，结合grep'>'使用：more 6.Hb.pep.blast.list.pep.mafft|grep '>'|wc
touch 文件名：创建文档
vi：编辑文本，按“i”进行编辑。完成后按“Esc”进入命令模式，按“：wq”保存并退出
extr_seq.pl <list> <lib> <output> 将列表与库进行比对：perl ~/.bin/extr_seq.pl
cat 将几个文件合并为一个文件： $cat file1 file2 > file cat *JAMM.pep >JAMM.pep cat *MINDY.pep >MINDY.pep cat *MJD.pep >MJD.pep cat *OTU.pep >OTU.pep **去掉”>“**more 3.Pt.pep.blast.list|sort -u|sed 's/^>//' >Pt104 **查找差异基因的pfam** more Pt24.pfam|awk '{print"grep "$ 2" 3.Pt.pep.blast.list.pep.pfam >>Pt24.pfam1"}'|sh
将‘Ml’替换为‘Mg’ sed -i 's/Ml/Mg/g' filename
打印第多少列 awk '{print $1,$ 9, $10,$ 7}' filename
excel中每个单元格加前后缀，在右侧新建一列，将其中一个单元格填写完整，在下面的单元格ctrl+E即可
more aaa |grep t|awk '{print"sed -i \047s/" $1"/"$ NF"/g\047 DUB_7_JAMM.pep.mafft.t