perl处理fasta文件

在perl处理fasta文件是,需要每次读入一个完整的 序列头+序列,需要利用到

local $/ = ">"

将perl默认的行分隔符切换为">"。

且从文件中第一次读取的内容为">"号,可以在<IN>进行去除,IN为定义的输入句柄。
在处理数据时:

s/>//;
my ($name, $seq) = splt/\n/,$_,2;
$seq =~ s/\n//g;

即可将一个序列的名保存到$name变量,将序列信息保留到$seq变量。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容