安装Megadock在个人wsl上

整不来docker版本

官方指引
https://github.com/akiyamalab/MEGADOCK/blob/master/doc/BUILD.md

依赖一览

MEGADOCK依赖

安装FFTW3和CUDA Toolkit

参照官方指南安装FFTW3和CUDA Toolkit，需要注意CUDA Toolkit在wsl的安装最好参照官方的wsl guide 进行，和ubtuntu略有不同。CUDA Toolkit安装之间检查下cuda samples更新到最新版本了没，如果没有的话安装老版本，使用在线安装修改最后一个就行
FFTW3
https://blog.csdn.net/qq_45776432/article/details/123592098
CUDA Toolkit
https://developer.nvidia.com/cuda-downloads?target_os=Linux

以12.6举例

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/wsl-ubuntu/x86_64/cuda-keyring_1.1-1_all.deb
sudo dpkg -i cuda-keyring_1.1-1_all.deb
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install cuda-toolkit-12-6

改为cuda-toolkit-12-5就行
不要忘记添加环境变量，通常在/usr/local/cuda-12.5

cuda samples

然后下载编译cuda samples，注意需要apt安装cmake

参考

https://blog.csdn.net/woaixuexi428/article/details/134626058

回到MEGADock的makefile，

CUDA_INSTALL_PATH ?= /usr/local/cuda
CUDA_SAMPLES_PATH ?= /usr/local/cuda/samples-12.5/cuda-samples-12.5/Samples
FFTW_INSTALL_PATH ?= /home/remilia/BFSW/colabfold/FFTW/fftw_install_3.3.10

报错找不到helper_cuda.h

对于cuda 12.5 和12.6，makefile文件需要修改

#修改1，common改为大写
COMMONDIR  := $(ROOTDIR)/Common


#修改2(COMMONDIR)后去掉inc
INCLUDES  += -I$(SRCDIR)
ifeq ($(USE_GPU),1)
    INCLUDES += -I$(CUDA_INSTALL_PATH)/include -I$(COMMONDIR)
endif

编译文件，测试是否成功

./megadock-gpu -h

添加环境变量

2024-08-06_记录MegaDock安装使用