bedGraphToBigWig下载和使用

bedGraphToBigWig是将bedgraph格式转化为BigWig格式的小工具

#下载，UCSC下载地址  http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe
#选择  linux.x86_64
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bedGraphToBigWig
#加执行权限
chmod +x bedGraphToBigWig
#将该文件移入PATH路径中，即可执行
mv bedGraphToBigWig /bin

执行

#格式为 bedGraphToBigWig input_file index output_file
#建立index，$REF为参考基因组的fasta格式
samtools faidx $REF
#执行
bedGraphToBigWig  SRR3033154.bedgraph  $REF.fai  SRR3033154.bw
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