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课程简介
本套课程深入解读了微生物分子分型技术的类型和方法，以及MLST分型、cgMLST分型的区别与联系。课程系统阐述了cgMLST分型的理论背景、实操方法、数据的前处理、多情形的分型实操、结果的进一步绘图加工、典型文献案例和典型物种案例剖析与结果重现等，全方位、系统化地教授了cgMLST分子分型的分析流程和应用方向。通过本套课程的学习，可以全面掌握cgMLST上下游数据整合处理方法，有助于提升微生物进化研究的深度和系统性。
课程内容
（1）微生物分型的生物学意义，常用的分析手段及核酸分型方法介绍；
（2）cgMLST的原理、特点讲解及常用数据库网站介绍；
（3）操作实战：cgMLST在线分析及多样本数据整理；
（4）操作实战：cgMLST本地分析软件安装，实操详解，结果解读；
（5）操作实战：从头构建cgMLST/wgMLST分型方案；
（6）操作实战：基于已有分型方案进行新样本的cgMLST分析；
（7）操作实战：如何将线上分析结果转化为绘图所需数据格式；
（6）使用Phyloviz、GrapeTree软件绘制最小生成树所需数据准备与分析实操；
（7）cgMLST应用思路及相关案例分享。
课程包含
（1）16个课时：课程从理论到实操，层层递进，学习更系统，全面覆盖所有实操要点；
（2）理论+实操：理论介绍+线上、线下分型实战+数据转化+绘图实战+思路分享；
（3）软件与案例：所需的全部软件安装包+示例数据+示例结果。
课程目录大纲详情
第一章：微生物分型技术介绍
课时1：微生物分型的意义
（1）微生物分型技术的必要性
（2）微生物分型的生物学意义
课时2：微生物分型的常用方法
（1）微生物表型分型方法
（2）微生物分子分型方法
课时3：常用核酸分型方法
（1）微生物核酸分型的9种方法
（2）微生物分型不同方法的优势与存在的问题
第二章：微生物cgMLST分型方法基础
课时4：cgMLST分型基础介绍
（1）cgMLST的原理及特点
（2）cgMLST与MLST、wgMLST、SNP的异同
（3）cgMLST的下游分析
课时5：cgMLST分析常用平台软件介绍
（1）cgMLST分析平台及软件综述
（2）cgMLST分析在线网站
（3）cgMLST分型方案保存数据库
（4）cgMLST分型常用软件工具
课时6：cgMLST在线数据库网站的使用
（1）在线分析网站pubMLST的使用
（2）在线分析网站BigSdb的使用
（3）在线分析网站Enterobase的使用
（4）在线分析网站Pathogenwatch的使用
课时7：cgMLST要点知识总结
（1）为什么要进行分子分型？
（2）cgMLST与MLST有什么区别？
（3）cgMLST/MLST与传统的SNP/系统进化相比有什么区别或优势？
第三章：使用chewBBACA软件本地化分析cgMLST
课时8：线下分析软件chewBBACA的说明和安装
（1）软件原理及逻辑说明
（2）软件安装
课时9：使用chewBBACA从头构建cgMLST/wgMLST分型方案
（1）数据准备
（2）分析原理
（3）详细操作实战
（4）结果解读
课时10：chewBBACA：用于分型的基因组质量评估及最终方案的确认
（1）为何要进行质量评估
（2）质量评估的判断标准
（3）操作实战
（4）结果解读
课时11：chewBBACA：使用已有分型方案进行分析
（1）常用数据库平台介绍
（2）分析原理及逻辑说明
（3）详细操作实战
（4）结果解读
课时12：cgMLST分型等位基因序列下载
（1）不同平台等位基因序列下载的不同方法
（2）基于API的等位基因序列下载实操
第四章：cgMLST分型结果数据可视化展示
课时13：cgMLST作图数据处理与准备
（1）Phyloviz和GrapeTree软件作图数据要求
（2）线上分析结果数据格式
（3）如何将线上分析结果转化为作图数据
课时14：使用Phyloviz软件绘制cgMLST最小生成树
（1）Phyloviz软件介绍
（2）Phyloviz数据准备
（3）Phyloviz操作步骤
课时15：使用GrapeTree软件绘制cgMLST最小生成树
（1）GrapeTree软件介绍
（2）GrapeTree软件数据准备
（3）GrapeTree软件操作步骤
课时16：cgMLST应用思路及案例分享
（1）cgMLST分析的应用思路
（2）cgMLST案例——流行病学调查
（3）cgMLST案例——社区克隆传播
（4）cgMLST案例——群体遗传结构及临床传播
