电影故事从1975年一直到28世纪，地球与宇宙各个星的发展，先说到28世纪，在宇宙之间，原有一个美丽的外星星球Mül ，住着一群和平的珍珠种族，与他们飬养的神兽，但好景不长，有一天宇宙之间的外族战争，却波及他们赖以生存的星球，全族仅有一小群人幸运逃进一艘太空船，国王的美丽女儿公主也来不及逃生，但在死去之前，将脑中的思想与男主角星际战士连结。

24世纪，原本是绕着地球转的一个太空站Alpha ，逐渐脱离地球，经过400多年，在宇宙间发展成一个容纳3000多种外星族群与人类共处的「千星之城」，但却发现里面有一处无从侦测的区域，星际特工少校瓦雷诺（由丹恩‧德翰饰演）与中士萝琳娜，（由卡拉‧迪乐芬妮饰演）是时空旅行特务的精英成员，也是一对恋人。

他们一直在空间与时间中穿梭，维护着世界秩序。在浩瀚无垠的银河中，两位特工搭档奉星际防御联盟部长(Defence Minister ，由Herbie Hancock饰演)之命。

先是来到黑市的商城中，抢救一只全宇宙仅存的神兽，之后又来到千星之城保护人类指挥官(由克里夫‧欧文饰演)。

却因此卷入了一个暗藏巨大的星际阴谋，究竟会将他们带往怎样的未来?他们跟珍珠族之间又有怎样的牵连?