嘉靖三十八年春二月二十八日，蒙古把都儿部进犯潘家口、渡滦河，逼进三屯营。三月七日，抢掠迁安、蓟州、玉田等地。十八日，赐丁士美等人进士及第，各任命了不同的官职。二十一日，倭寇进犯浙东，被海道副使谭纶率军击退。二十二日，逮捕浙江总兵官俞大猷。
夏四月六日，倭寇进犯通州。十三日，倭寇进攻福州。十九日，倭寇进攻淮安，巡抚、凤阳都御史李遂在姚家荡击败倭寇，倭寇退据庙湾。二十一日，副使刘景韶大破倭寇于印庄。五月十日，逮捕总督、蓟辽右都御史王忬下狱。二十三日，刘景韶在庙湾击溃倭寇，江北倭患被平定。六月五日，（俺答之子）辛爱部进犯大同。
秋八月二十日，李遂、胡宗宪打败倭寇于刘家庄。二十五日，赈济辽东的饥荒，并供给耕牛和粮种。当月，蒙古俺答部进犯土木，游击将军董国忠等战死。九月，又进犯宣府。
这一年，土鲁番、天方（阿拉伯）、撒马儿罕、鲁迷（土耳其）、哈密、暹罗（泰国）入朝进贡。
嘉靖三十九年春正月二十日，蒙古俺答部进犯宣府。二月二十二日，南京振武营发生兵变，总督粮储、侍郎黄懋官被杀害。二十三日，赈济顺天、永平的饥荒。倭寇进犯潮州。三月十七日，大同总兵官刘汉率军出击打败兀慎部于灰河。二十一日，蒙古打来孙部进犯广宁，攻陷中前所，杀害守备武守爵、黄廷勋。
夏五月十七日，赈济山西三关（雁门关﹑宁武关﹑偏头关）地区的饥荒。二十七日，盗贼进入广东博罗县，杀害知县舒颛。
秋七月初一，蒙古把都儿部进犯蓟西，游击将军胡镇率军将敌击退。六日，刘汉率军袭击并打败俺答部于丰州。九月六日，俺答部犯朔州、广武。
冬十二月，土蛮进犯海州东胜堡。当月，闽、广贼寇侵犯江西。
这一年，免除京城、山西、山东、湖广、陕西受灾地区的税粮。暹罗（泰国）入朝进贡。
嘉靖四十年春二月初一，这一天应当出现日食，但未发生。赈济山东的饥荒。十七日，景王到封国上任。三月二日，赈济京师的饥荒。
夏四月十八日，赈济山西的饥荒。五月十六日，李本因为丁忧（父母丧事）辞官。闰五月二十七日，贼寇侵犯泰和，杀害副使汪一中、指挥王应鹏。
秋七月初一，发生日食。二十二日，蒙古俺答部进犯宣府，被副总兵马芳率军击退。九月十三日，又进犯居庸关，被参将胡镇率军击退。十四日，赈济南京的灾荒。
冬十一月八日，任命礼部尚书袁炜为户部尚书兼武英殿大学士，参与机要事务。二十四日，（俺答之侄）吉能部侵犯宁夏，进逼固原。二十五日，万寿宫发生火灾。十二月十一日，蒙古把都儿部进犯辽东盖州。
这一年，乌斯藏（西藏）入朝进贡。
嘉靖四十一年春三月七日，白兔生子，礼部奏请祭告太庙，（世宗）同意了，群臣上表祝贺。十八日，赐申时行等进士及第，各授予了不同的官职。二十五日，万寿宫重建竣工。
夏五月十九日，严嵩被免职。二十九日，土蛮进攻汤站堡，副总兵黑春力战而死。
秋九月一日，三殿重修竣工，改奉天殿为皇极殿，华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿。
冬十月，免除南京、江西受灾地区的税粮。十一月五日，分别派遣御史访求方士、法书。七日，逮捕胡宗宪，不久后又释放。二十一日，蒙古吉能部进犯宁夏，副总兵王勋战死。二十九日，倭寇攻陷兴化。当月，延绥总兵官赵岢指挥分兵出塞袭击吉能部，并将其击败。免除陕西、湖广受灾地区及福建被贼寇掠夺地区的税粮。
这一年，琉球入朝进贡。
