本文主要参照QIIME2中文手册，并加入自己的一些理解https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838
1. 说下QIIME2是做什么的
QIIME2是用来做 16S扩增子分析的。这款软件发布于2017年7月，发布才一个月，算是比较新的技术。主要应用在以下几个方面：通过宏基因组测序的方法，将肠道微生物与疾病进行关联分析以揭示疾病与健康个体间的微生物差异；鉴定特定环境中的特定微生物发现耐受菌种及相关基因。可以研究物种的分类，研究与特定环境相关的代谢通路，以及通过不同样品的比较研究微生物群落内部、微生物与环境、微生物与宿主之间的关系。
安装过程略过，详细过程可以见http://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/75103929
（未完待续）
