这一时期是中国历史上大动荡、大分裂的时代。在乱世中，有远见的统治者为了稳固政权，都很重视政治制度建设。所以，这个时期监察制度最显著的特征，就是御史监察机构的完全独立和谏官组织的系统化。
魏晋时，御史台不再隶属少府，而成为由皇帝直接掌握的全国性的监察机构。晋以后，御史中丞下设殿中御史、检校御史、督运御史等，分掌内外监察之权。南梁、后魏、北齐的御史台(即南台)和后周的宪台，仍以御史中丞为主官，北魏称为御史中尉。
由于监察长官权力过大，为了加强控制制约，开始出现了防范监察官员犯法渎职的规定。如果群臣中因犯罪被查办，但御史中丞失纠，也要追责。
魏晋以后，为了防止监察机构徇私舞弊，统治者明确规定御史中丞不得由大士族充任。
为了更好地纠举百官，保证御史行使弹劾权，魏晋南北朝时期还允许“御史风闻奏事”。
所谓“风闻奏事”，就是举报人可以根据传闻进行举报，不必拿出真凭实据，也不署名。风闻奏事所涉范围很广，不论有无事实，也无论是否与事实相符，皆不深究御史责任。这种做法被后世效仿，成了历代保护御史奏弹的重要制度。
同时，言谏组织也开始有自己的独立机构。在曹魏时期，开始设立侍中寺，作为掌规谏的言谏机关，属官有散骑常侍、给事中、给事黄门侍郎、员外散骑常侍、谏议大夫。
这个时期，随着三省制的逐渐形成，谏官组织或归属门下省（即汉代的侍中寺），或归属于集书省。集书省是南北朝时期为了强化言谏，从门下省分出来的，其长官为散骑常侍。
总之，魏晋南北朝时期的言谏官，可以直接与皇帝讨论国政，有权驳正政令违失，“讽议左右，以匡君失”，职权大大提高。
