人类基因组中存在大量的重复区域，给定一段序列，如何知道这段序列在基因组中是否具有唯一比对，或者具有多个比对？

一种方法是通过bwa，通过AS和XS 标签判断是否有次优比对；但是这种方法无法知道这段序列所有可能的比对位置；

另一种方法就是blast，blast分为网页版以及本地版；

网页版blast

网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

点击Human，出现如下页面； 通过左上角的菜单，可选择比对数据库的类型；另外还可以设置参卡基因组的版本；

将序列复制到文本框中，点击blast；

本地版blast

1. 建立比对数据库

makeblastdb   -in  in.fasta   -dbtype nucl  -parse_seqids  -out  outdatabase

2. blast比对

blastn  -query  query.fasta  -out   query.fasta.blast   -db  outdatabase -outfmt   6

3. 比对结果如下

格式说明：

Query id,  Subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap openings, q. start，  q. end，  s. start，  s. end，  e-value，  bit score